Małopolska Droga św. Jakuba nawiązuje do średniowiecznego traktu prowadzącego skrajem doliny Wisły od Sandomierza do Krakowa. Stanowił on jedną z odnóg tzw. ruskiego szlaku wiodącego z Polesia i Rusi do stolicy Korony oraz na Śląsk.
W prace nad wytyczeniem, a następnie oznakowaniem szlaku włączyli się: członkowie Bractwa św. Jakuba Starszego Apostoła przy parafii św. Jakuba w Więcławicach Starych koło Krakowa, tarnobrzeski oddział Polskiego Towarzystwa Tatrzańskiego oraz indywidualni pielgrzymi z Krakowa, Sandomierza i Tarnobrzega. Projekt wydatnie wsparły samorządy, a zwłaszcza Urząd Marszałkowski Województwa Małopolskiego, oraz lokalne parafie i klasztor ojców dominikanów w Sandomierzu.
Najważniejsze znaczenie w wytyczeniu głównych punktów szlaku miało rozmieszczenie kościołów pw. św. Jakuba Starszego. Przeprowadzone przez historyków badania wykazały, że w XVI w. na terenie ówczesnej diecezji krakowskiej znajdowało się 28 kościołów pw. św. Jakuba Starszego Apostoła, z czego 18 właśnie na lewym brzegu Wisły między Sandomierzem a Krakowem. Niewielkie odległości miedzy miejscowościami z kościołami parafialnymi pw. św. Jakuba, wskazują, że istniał w średniowieczu pątniczy szlak do grobu św. Jakuba Apostoła.